يعمل مكتب التعليم الخاص على متابعة تنفيذ سياسة المكتب الإداري في الإشراف على الهيئات الإدارية في الجامعات الخاصة، و إعداد الدراسات والاقتراحات اللازمة لتطوير الأوضاع الطلابية العلمية في الجامعات الخاصة ، و متابعة الإشراف على الرحلات العلمية الاطلاعية ، والعمل على متابعة الجوانب الفكرية والعلمية والإفادة منها ،كما يعمل على إعداد الدراسات اللازمة لتطوير الأنظمة والقوانين التي تُعنى بالطلبة العرب السوريين الدارسين خارج القطر فيما يتعلق بقضايا التعليم الخاص وفي الجامعات غير الحكومية في بلد الإيفاد ، وتفعيل مضامينها وإعداد دراسات دورية عن أوضاع الطلبة بهدف تطويرها ، كما يعمل على متابعة جميع أوضاع الطلاب الدراسية في الجامعات الخاصة وما يعانون منه من معوقات حتى يتم التغلب عليها من خلال نقلها إلى الجهات المختصة .